KeyMolnet ソフトウェアを利用すると、ユーザーの目的に応じて膨大なKeyMolnetコンテンツから必要な情報を効率よく取り出すことができるだけでなく、マイクロアレイなどの実験データ解析も多様な視点から行うことができます。
◆ 多彩な検索方法
 キーワード検索やパスウェイ名からの検索はもちろんのこと、塩基配列・アミノ酸配列やマイクロアレイ実験で得らた変動遺伝子のプローブリストからもKeyMolnet コンテンツに対して検索を実行することができます。
◆ 分子と分子の関係が分かる分子ネットワーク検索
 分子と分子の関係を知るための分子ネットワーク検索も、目的に応じて4つの検索方法をご用意しています。
周辺検索 では、分子と直接作用する上流分子や下流分子を知ることができます。興味ある分子の概要をつかみたいときに利用すると便利です。
始点終点検索 では、始点に指定した生体内分子から終点に指定した生体内分子に至る経路を検索できます。刺激分子から変動が見られた分子に至る経路を知りたいときなどに利用します。
共通上下流検索 では、分子群の共通の上流分子や下流分子を検索できます。発現変動分子群を共通に制御している転写因子を見つけたい場合などに利用します。
相互関係検索 では、分子群が形成しているネットワークを検索します。発現変動が見られた分子群や疾患に関与する分子群が形成する分子ネットワークを知ることができます。
◆ 重要なパスウェイ・疾患をランキング表示
 興味ある分子群や分子ネットワークと関係の深いパスウェイや疾患がスコアと共にランキング表示されます。この機能により、注目すべきシグナル伝達や転写因子、生体内現象をあぶり出すことが可能です。
◆ プレゼンテーション用資料の作成
 KeyMolnet に付属するKeyMolnet Draw では、解析で得られた分子ネットワーク図を加工して魅力的なプレゼンテーション用資料に仕上げることができます。
◆ ユーザーデータの統合
 KeyMolnet コンテンツに分子リレーション情報や分子アノテーション情報を追加して利用することができます。
 分子リレーション情報として実験等で得たユーザーオリジナルの分子間相互作用情報や予測プログラムで予測される転写制御情報などを追加することにより、独自の解析結果を得ることができます。
 分子アノテーション情報に参照したいパブリックサイトへのリンク情報を追加しておけば、解析結果に表示される分子からワンクリックでパブリックサイトを参照することができます。